ระบบการบริหารงาน
พระบาทสมเด็จพระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมแต่งตั้งนายพลากร สุวรรณรัฐ องคมนตรี พลอากาศเอกชลิต พุกผาสุข องคมนตรี และนายจรัลธาดา กรรณสูต องคมนตรี เป็นประธานกรรมการและรองประธานกรรมการ ในคณะกรรมการบริหารโครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาเขาหินซ้อนอันเนื่องมาจากพระราชดำริ
เพื่อให้การดำเนินงานของโครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาอันเนื่องมาจากพระราชดำริ ดำเนินไปอย่างมีประสิทธิภาพ อาศัยอำนาจตามความในข้อ 9 (5) ของระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรีว่าด้วยโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ 2534 จึงยกเลิกคำสั่งคณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริที่ 2/2551 ลงวันที่ 14 กรกฎาคม 2551 และแต่งตั้งคณะกรรมการและคณะอนุกรรมการโครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาอันเนื่องมาจากพระราชดำริ 3 ด้านรวม 4 คณะโดยมีองค์ประกอบและอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้
คณะกรรมการบริหารโครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาอันเนื่องมาจากพระราชดำริ
เพื่อให้การดำเนินงานของโครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาอันเนื่องมาจากพระราชดำริในระดับพื้นที่เป็นไปด้วยความเรียบร้อยสอดคล้องตามแนวพระราชดำริและมีประสิทธิภาพสูงสุด
ตามคำสั่งคณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริที่7/2560ลงวันที่22กันยายน2560อาศัยอำนาจหน้าที่ในข้อ5ของคณะกรรมการบริหารโครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาอันเนื่องมาจากพระราชดำริจึงยกเลิกคำสั่งแต่งตั้งคณะอนุกรรมการคณะทำงานหรือบุคคลและที่แก้ไขเพิ่มเติมก่อนหน้านี้ของโครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาเขาหินซ้อนอันเนื่องมาจากพระราชดำริและแต่งตั้งคณะอนุกรรมการดำเนินงานโครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาเขาหินซ้อนอันเนื่องมาจากพระราชดำริจังหวัดฉะเชิงเทราโดยมีองค์ประกอบและอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้
คณะทำงานโครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาเขาหินซ้อนอันเนื่องมาจากพระราชดำริ
เพื่อให้การดำเนินงานโครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาเขาหินซ้อนอันเนื่องมาจากพระราชดำริดำเนินไปอย่างมีประสิทธิภาพอาศัยอำนาจตามคำสั่งคณะกรรมการบริหารโครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาอันเนื่องมาจากพระราชดำริที่ 1/2548 ลงวันที่ 20 มิถุนายน 2548 เรื่องแต่งตั้งองค์กรดำเนินงานโครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาเขาหินซ้อนอันเนื่องมาจากพระราชดำริในระดับพื้นที่ข้อ 1.2 (4) จึงขอยกเลิกคำสั่งแต่งตั้งคณะทำงานโครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาเขาหินซ้อนอันเนื่องมาจากพระราชดำริคณะทำงานวิชาการที่ 0136/2550 ลงวันที่ 11 กรกฎาคม 2550 และคณะทำงานขยายผลโครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาเขาหินซ้อนอันเนื่องมาจากพระราชดำริที่ 1324/2551 ลงวันที่ 1 กรกฎาคม 2551
ประธานคณะอนุกรรมการดำเนินงานโครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาเขาหินซ้อนอันเนื่องมาจากพระราชดำริได้มีคำสั่งที่ 523/2554 ลงวันที่ 8 มีนาคม 2554 เรื่องแต่งตั้งคณะทำงานศูนย์ศึกษาการพัฒนาเขาหินซ้อนอันเนื่องมาจากพระราชดำริโดยมีองค์ประกอบดังต่อไปนี้
หน่วยงานบูรณาการ
ศูนย์ศึกษาการพัฒนาเขาหินซ้อนอันเนื่องมาจากพระราชดำริบริหารจัดการองค์กรโดยมีการประสานงานระหว่างส่วนราชการแบบบูรณาการซึ่งเป็นวัตถุประสงค์สำคัญยิ่งประการหนึ่งของแนวทางการดำเนินงานของศูนย์ฯที่เน้นการประสานงานการประสานแผนและการบริหารจัดการระหว่างกรมกองและส่วนราชการต่างๆให้เกิดเป็นจริงขึ้นโดยกรมพัฒนาที่ดินทำหน้าที่เป็นหน่วยงานหลักในการประสานงานภายใต้การกำกับดูแลของสำนักงานคณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ(สำนักงานกปร.)ทั้งนี้เพื่อให้เจ้าหน้าที่ของรัฐได้ฝึกหัดการทำงานร่วมกันได้ความรู้ในการพัฒนาดังพระราชดำรัสที่ว่า“…กรมกองต่างๆที่เกี่ยวข้องกับชีวิตประชาชนทุกด้านได้สามารถแลกเปลี่ยนความคิดเห็นปรองดองกันประสานกันตามธรรมดาแต่ละฝ่ายต้องมีศูนย์ของตนแต่ว่าอาจจะมีงานถือว่าเป็นศูนย์ของตัวเองคนอื่นไม่เกี่ยวข้องและศูนย์ศึกษาการพัฒนาเป็นศูนย์ที่รวบรวมกำลังทั้งหมดของเจ้าหน้าที่ทุกกรมกองทั้งด้านเกษตรหรือด้านสังคมทั้งด้านหางานการส่งเสริมการศึกษามาอยู่ด้วยกันก็หมายความว่าประชาชนซึ่งจะต้องใช้วิธีการทั้งหลายก็สามารถที่จะมาดูส่วนเจ้าหน้าที่จะให้ความอนุเคราะห์แก่ประชาชนก็มาอยู่พร้อมกันในที่เดียวกันเหมือนกันซึ่งเป็นสองด้านก็หมายถึงว่าที่สำคัญปลายทางคือประชาชนจะได้รับประโยชน์และต้นทางของผู้เป็นเจ้าหน้าที่จะให้ประโยชน์…”
ส่วนราชการที่ร่วมดำเนินการประกอบด้วย
หน่วยงานจาก 4 กระทรวงหลัก ดังนี้